През 1994 г. е избран за кмет на Истанбул. През 1996 г. Партията на благоденствието участва в дясна ислямска коалиция, но след военния преврат през 1997 г. е забранена, а самият Ердоган за пропаганда на възгледи, разпалващи национална вражда, е осъден на 4 месеца затвор. През юли 2001 г. Ердоган учредява Партията на справедливостта и развитието, която побеждава на парламентарните избори през ноември 2002 г.